軽自動車のMTおすすめ。

40万円で買えるまともな軽自動車はほとんどありません。

8万キロとかの過走行車だったり、修理歴があったり、年式がとても古かったり。
そのうえ流通数が少ないMT車で、というと選ぶ余地はあまりないでしょう。

その中では、ワゴンRは全体の流通台数が多いので、比較的MT車が探しやすいかと思います。
そのほか、eKワゴン、ミラ、アルト、といったところでしょうか。

中古でお探しの場合は、世間で不人気な車種のほうがお買い得だと思いますよ。

三菱ekワゴンかな。

。中古なら価格的にはターゲット近いと思います。

同世代の日産モコ（スズキＭＲワゴン）を所有していて、
代車ekワゴン（ＡＴ）を乗った時に、結構足回りがしっかりしていて
軽の割に質感高い（上質）と感じましたね。

モコ（ＭＲワゴン）がおもちゃに感じたくらいです。

ネットでekワゴンのＭＴ車はぼちぼち見かけますけど、
程度の良いのがあれば買いだと思いますね。
（三菱が嫌いじゃなければ・・・）

スズキのkei

こちらでは結構走ってます。

軽トラ

ダイハツ・エッセはオススメです！

最低限の装備しか付いておらず内装も剥き出しだったりしますが軽さはピカイチです。
その軽さがあらゆる面でプラスとなり、燃費・加速力などの性能に効果絶大です。

また、エッセは維持費が安いというのもポイントのひとつです。
年式が浅いので劣化による故障が少なく、ノーマルモデルなので高価なパーツは使われておりません。
軽の中でも最低限の費用で維持する事が可能です。

車の素材としては素晴らしいと思いますが、足回りなど走行性能が優れているとは言えません。
ですが、社外パーツが多くありますので交換する事によって走りに強化する事も容易に可能です。

是非、調べてみてください。

バン系統は別として、その条件だとちょっと年式が古くなりますね

個人的におすすめするのは
初代プレオ（RSは除く）
Kei（ワークス・スポーツは除く）

どちらも安い割りに良い車です
MTも他車より多めかと
しかも乗用車なので、タコメーターがついてます
4WDと過給器の有無も選べます
大人しく乗られていた傾向が強いのも嬉しいポイント

HONDA　ビート

http://www.carsensor.net/usedcar/detail/CU241217 …

先代ミラバンか、現行型ミラバンの初期型あたりでいかがでしょうか？

今の時代、MTを選択するなら、バンしかありません。
ミラバン、軽いし３ドアなのでスタイリッシュに見えます（アルトバンは５ドア）。
先代か現行型かはお好みで。個人的には、外観デザインは先代、装備は現行がいいです。

http://www.carsensor.net/usedcar/search.php?STID …

なぜMTなのか説明がないと的確なアドバイスが出来ないと思います

シフト操作が楽しいから？
燃費がいいから？
サーキットで走りたい？
高回転まで引っ張りたい？
ヒール&トゥをマスターしたい？

チョット古いジムニーも予算内で手に入ると思いますがどうですか？
手放す時もいい値段になります

中古で探すのでしょ？

お勧めなんて言われても、モノがあるかどうか分かりませんよ

そもそもMTの設定の無い車両もあるし、あったとしてもMT車の比率はわずかなので
中古として現物があるか保証が無い、予算も予算なので更に厳しい

商用車とかならMTの可能性もあるから、兎に角中古車を扱うお店に問い合わせるしかない